Buena pregunta.
"Working in", "working for" y "working at" se utilizan en la mayoría de casos de manera intercambiable.
Ej: "I work {in/for/at} a bank." (Trabajo [en/para] un banco) => Todas las opciones dan a entender que "trabajo en un banco".
Sin embargo, es importante recordar que las preposiciones las utilizan los nativos de manera intuitiva. No todos los que hablan el mismo dialecto (nacional o regional) utilizan las mismas preposiciones que los demás. A veces, se debe utilizar la preposición que tiene más sentido según el contexto (si algo está encima de la mesa, hay que decir "on the table" y no "by the table" o "under the table") y a veces esta norma no se cumple ("Let's walk [up/down] this block for a few minutes", sin importar si el edificio está hacia arriba de la colina o hacia abajo, o si los números son ascendentes (de 10 a 100) o descendentes (del 100 al 0).
El contexto es muy importante, así como también lo es el dialecto regional o nacional.
Como premisa, "work for" hace referencia a trabajar para alguien; "work in", a trabajar en algún departamento; "work at", a trabajar en algún lugar concreto.
Ej: "I work for Apple, in the finance department, at the San Francisco Office." (Trabajo para Apple, en el departamento de finanzas, en la sucursal de San Francisco.)
Aunque puede ser algo confuso, ya que pueden haber muchos que coincidan. El nombre propio de aquel que contrata se puede utilizar tanto para referirse al jefe o a las instalaciones, al menos en el ámbito local en el que todo el mundo conoce el nombre.
Ej: "I work for/at Apple." (Trabajo para/en Apple.) => Ambas opciones funcionan.
De la misma manera, cuando el negocio solo tiene una función, el jefe y el departamento puede coincidir en nombre.
Ej: "I work for/in a restaurant." (Trabajo para/en un restaurante.)
Por eso no has oído nunca decir "she works for a shoe factory", pero podrías haber oído "she works for a law firm". "Law firm" puede hacer referencia tanto a quien contrata como a las instalaciones. "There's a law firm on the 4th floor" (hay un bufete de abogados en la cuarta planta), pero la fábrica de zapatos solo hace referencia a las instalaciones.
