"rocks"は地質学の科目を意味しますか？

この文章で"what not"はどういう意味ですか？

"What not"は特に言及せず、先に話した項目に加えて類似の項目を指すために使用されます。 例：Are you going on a trip? I see you have a suitcase and what not.（旅行に行くの？スーツケースを持っていることと、何を持たなかったのかわかったよ。）

この「it」が指すものはなんですか。また、「hit me yet」の「hit」の意味を教えてください。

この文脈での「hit」とは、何かに気づくことや、何かを突然認識することを意味します。この「it」が指すものは明確にされていませんが、彼女の別れのことを指していると暗示されています。つまり、「it hasn't hit me yet」は、まだ彼女にとって別れが現実になっていないことを意味しています。

「rattle」と「rattlesnake」は関係ありますか。

はい、あります。「rattle」とは、「ガラガラ」「ゴトゴト」といった、鋭くて連続した音を指す言葉です。「rattlesnake」（ガラガラヘビ）は、その尾をガラガラと鳴らして捕食者を威嚇したり、周りに警告することからこのような名前がつきました。

ここのjustはどういう意味ですか。

"Just"は状況によって意味が異なりますが、ここでは「とにかく、ただ」という意味があります。 マーリンはニモに、とにかく戻って寝直せないかと聞いています。 同じ文脈での"just"の使用例は以下の通りです。 例: Can you please just listen to me? (とにかく私の言うこと聞いてくれない?) 例: I need you to just stay here for one minute while I go inside. (私が中に入る間、1分間ここでただじっとしていてほしい。) 例: Just tell me what I need to do. (私が何をすればいいのかただ言って。)

itがつくのはなぜですか？

「overworking it」で「overdoing it」や「being too extreme」という意味を表す言葉のため、ここで「it」が使用されました。そのためここでは「it」を取ることはできません。