ここのthatはどういう意味があるんでしょうか？

varies from A to Aとvaries by Aの違いはなんでしょうか？

「Varies from A to A」は、何か二つを比較する形式です。したがって、この文脈での「varies from country to country」は異なる国々を比較することを意味します。しかし、「varies by」は何か二つを比較するのではなく「〜によって違う」を意味します。 例：Each country varies by population size. （各国は人口規模によって異なります。）

cragはcliffと同じ意味ですか。冒頭ではcliffと言っていたと思うのですが。

はい、同義語です。cragとはrugged cliff（険しい、岩だらけの崖）の事です。 ここで「crag」と言い換えているのは、物語の表現により面白みを持たせる為だと思われます。一般的にはcliffの方がよく使われます。 例：The group slowly hiked up to the top of the cliff.（グループはゆっくりと崖の頂上までハイキングしました。） 例：There was an eagle's nest on the rocky crag.（険しい岩山にワシの巣がありました。）

SATとはどんなテストですか？

SATとは、アメリカの学習基礎能力試験、高校生が大学に入るために受ける全国統一試験のことを意味します。日本での「センター試験」と似たような試験です。SATは、普通高校2、3年生が受けるのですが、大学で学問的側面で要求される読み書き能力、数理能力、ライティング能力を評価するために受ける試験です。

この文脈では「joy」の代わりに「pleasure」と言ったら変ですか。もし変ならこの２つの言葉の主要な違いは何ですか。

少し変かもしれません。ここでは「pleasure」はちょっと硬すぎる感じですね。でも「pleasure」にはまた他のいくつか意味もあるのでそれで変に聞こえるのかもしれません。「pleasure」には娯楽、性的な楽しむを持つという意味もあるのです。一方「joy」は単に感情を表します。この文脈で「happiness」なら使えますね。 例: Seeing her message was instant joy to me. = Seeing her message was instant happiness to me. (彼女のメッセージを見るのは束の間の楽しみだった。) 例: I get a lot of pleasure from watching you suffer. => entertainment (あなたが苦しむのを見るのが大いに楽しい。=>気晴らし、慰み)

Could have + 過去分詞はどういう意味になりますか？

Could have swornはある状況が間違いなく起きると確信したが、そのような状況が起きない時に使う表現です。Could have swornは「間違いなく」または「確実に」を意味します。そのため、この状況では蜂の巣があると確信していたのですが、蜂の巣がなくて困惑している状況です。 例:I could have sworn I'd paid that bill.(私は確実にお金を払いました。 ) 例:I could have sworn that I left my keys here.(鍵を確かにここに置いたはずなのに。 ) Could have + 過去分詞は過去に何かが起こったと推測する時に使います。しかし、それについて100%確信できないときに使います。「～していた（だった）かもしれない」「～することができたのに」というニュアンスで使用する表現です。 例: A: Why is Kate late? (ケイトはどうして遅れたの？) B: She could have for gotten we were meeting today. (今日会うことを忘れたのかも知れないね。) 例: A:Why is Kate late?(ケイトはどうして遅れるの？) B: She could have for gotten we were meeting today.(今日会うことを忘れたのかも知れないね。)